Bejelentkezés
genoAid

genoAid — onkoprediktív bioinformatikai platform

Az „Onkoprediktív szoftvercsomag” futtatókörnyezete — a hat modalitást OncoPredictiveScore-rá fúzionálja.

OPS-Fusion v1.4XGBoostdeployed

Feldolgozási folyamat

A vérplazmától a klinikai leletig — modalitás-fúzió és modell-governance

end-to-end
Vérplazmafolyékony biopsziacfDNA · cfRNANGS szekvenáláskönyvtárkészítésIllumina · UMIVariánsanalízisVCF · FreeBayes28%KópiaszámCNV-PIPE22%circRNA detekcióCIRI318%miRNA analízismiRDeep2 · miRBase14%MetilációcfDNA · DMR12%ceRNA tengelynetwork6%6 biomarker-modalitás · al-pontszámokOPS-Fusionsúlyozott stackedensemblekalibráció+ magyarázhatóság (SHAP)v1.4OncoPredictiveScoreegyetlen mutatószám · 0–1egészségeskoraimalignus+ altípus · prognózisKlinikai leletorvosilag jóváhagyva · PDFModellregiszterverziózás · újratanításKiadási kapuAUC ≥ 0.80 · recall ≥ 0.70

Kiadási kapu — OPS-Fusion motor

AUC ≥ 0.80
0.91
recall ≥ 0.70
0.83
calib ≤ 0.10
0.06
Kiadási kapu
ÁTMENT

Motor-validáció BreastLB-clf v2.3

Tumor-valószínűség

BreastLB-clf v2.3 · XGBoost

91%kalibrált valószínűség
positive

A modell magas megbízhatósággal pozitív predikciót adott (valószínűség: 0.91). A predikciót elsősorban a patogén DNS-variánsok és a kópiaszám-eltérések befolyásolták.

Küszöb: 0.42 · rule-in 0.78 · rule-out 0.2

Jellemző-hozzájárulás (SHAP)

Predikciónkénti magyarázat

+0.31Patogén variáns jelenléte
+0.18Allélfrekvencia (összes)
+0.12Variánsok száma
+0.09circRNA BSJ pontszám
-0.05Olvasási mélység
-0.03Mintaminőség

ROC

Validációs teljesítmény

FPR (1 − specificitás)TPR (szenzitivitás)AUC = 0.91

Tévesztési mátrix

n ≈ 200 (test)

Pred +
Pred −
Valós +
83
17
Valós −
12
88

Modell-mutatók

gate: AUC ≥ 0.8

AUC
0.91
PR-AUC
0.88
Szenzitivitás
0.83
Specificitás
0.88
F1
0.82
Kalibr. hiba
0.06